Часте використання клізми може спричинити звикання кишечника до частої стимуляції, внаслідок чого можуть виникнути проблеми з його випорожненням від калових мас. Ця процедура може порушити баланс корисної мікрофлори, що знаходиться в кишечнику через її змивання зі слизової оболонки, а також надмірне її пересушування.
Без конкретних показань очищення кишечника можна проводити самостійно не частіше 2 разів на місяць.
При постановці очисної клізми потрібно стежити, щоб за один раз вводилося трохи більше 1,5—2 л рідини. Якщо потрібно поставити дві клізми поспіль, слід дотримуватися інтервалу між ними 45 хвилин-1 година, переконавшись, що промивні води від першої клізми відійшли вщент.