Лікування гострої форми займає близько 3 тижнів. В разі хронічного гастродуоденітулікування може проходити і близько 2 років. Хворі хронічної формою перебувають на диспансерному обліку та повинні відвідувати лікаря кожні півроку. Контроль вилікуваності проводять за допомогою езофагогастродуоденоскопії.
Лікування гастродуоденіту являє собою тривалий, поетапний та послідовний процес. Гастродуоденіт з підвищеною кислотністю лікують антацидами та інгібіторами протонної помпи. Захворювання, що супроводжується зниженою кислотністю або порушеннями роботи підшлункової залози, вимагає призначення ферментів.
Зазвичай тривалість гострого гастродуоденіту коливається від 1 до 2 місяців, а тривалість больових симптомів лише 7-10 днів, але при пальпації біль може зберігатися кілька тижнів. При хронічній формі відбувається циклічно, за фазою загострення йде період ремісії.