При постановці очисної клізми слід стежити, щоб за один раз вводилося трохи більше 1,5—2 л рідини. Якщо необхідно поставити дві клізми поспіль, слід дотримуватися інтервалу між ними 45 хвилин-1 година, Переконавшись, що промивні води від першої клізми відійшли повністю.
Без конкретних показань очищення кишечника допустимо проводити самостійно не частіше. раз в місяць.
Увечері кишечник очищають двічі: о 19-00 та 20-00 годині, або трохи пізніше – о 20-00 та 21-00 год. Разовий обсяг клізми має бути не менше півтора літрів, а «мити» кишечник потрібний до чистої води. Вечірню очищувальну клізму можна поєднувати з прийомом проносних засобів.
Часте використання клізми може викликати звикання кишечника до частої стимуляції, у результаті можуть виникнути проблеми з його випорожненням від калових мас. Ця процедура може порушити баланс корисної мікрофлори, що знаходиться в кишечнику через її змивання зі слизовою оболонкою, а також надмірне її пересушування.