Мелатонін не завдає шкоди здоров'ю, навіть перевищити дозування на добу. Але в залежності від індивідуальних особливостей організму іноді буває: головний біль, алергічна реакція, ранкова сонливість, нудота. Є також протипоказання: Вагітність і період лактаціїDec 2, 2020
Застосування мелатоніну на постійній основі не рекомендовано, так як може порушити вироблення природного гормону, який продукується в організмі.
З боку нервової системи: нечасто – мігрень, біль голови, млявість, психомоторна гіперактивність, запаморочення, сонливість; рідко – непритомність, порушення пам'яті, порушення концентрації уваги, делірій, синдром "неспокійних ніг", погана якість сну, парестезії.
Середня тривалість прийому мелатоніну складає 1-2 місяці. Після перерви курс за потреби можна повторити.