Обидві дисципліни базуються на теорії та методиці фізичної культури, проте ЛФК більше оперує медичними поняттями, такими як «лікування», «фізична реабілітація», «Виведення в ремісію», тоді як АФК спортивними та педагогічними – «соціальна реабілітація», «Компенсація втрачених функцій», «самореалізація».
Таким чином, медична реабілітація включає заходи щодо запобігання інвалідності в період захворювання та допомога індивіду у досягненні максимальної фізичної, психічної, соціальної, професійної та економічної повноцінності, на яку він буде здатний у рамках існуючого захворювання.
Фізичну реабілітацію застосовують у соціальній та професійній реабілітації. Її засобами є: лікувальна фізична культура, лікувальний масаж, фізіотерапія, механотерапія, трудотерапія.