Реактори на атомному підводному човні зазвичай заправляються ураном. Природний уран, що видобувається із землі, складається переважно з урану-238, змішаного з невеликими кількостями (0,7%) ізотопу урану-235. Для роботи реактора уранове паливо має бути збагачене, щоб містити бажану частку урану-235.
Більшість існуючих в даний час і проектованих підводних човнів з ВНЕУ використовують в якості палива рідкі вуглеводні [32] – [38]. Причому більшість ВНЕУ нині створено з урахуванням теплових двигунів (СРСР, Китай, Японія, Швеція, Франція).
У атомних підводних човнах встановлюється реактор з водяним або рідкометалевим теплоносієм, який генерує енергію для роботи двигуна АПЛ.