На відміну від еукаріотів, бактерії не мають обмеженого оболонкою ядра і, в більшості випадків, будь-яких мембранних органел. Разом з тим у ряду бактерій є клітинні структури, які не мають аналогів у двох інших доменах.
У клітинах прокаріотів відсутня ядро, оточене в еукаріотів двома мембранами. Їхня ДНК міститься в особливій області цитоплазми – нуклеоїді. Там містяться також РНК та білки, у тому числі і пов'язані з ДНК. Однак у більшості прокаріотів ні нуклеосомного укладання ДНК.
Для бактеріальної клітини характерно наявність кільцевої молекули ДНК, розташованої безпосередньо у цитоплазмі. Ядро, ЕПС та мітохондрії є в еукаріотичних клітинах, а в клітинах прокаріотів вони відсутні.
Бактеріальна клітина відрізняється від рослинної за складом та будовою клітинної оболонки. У бактеріальної клітини немає ядра, відокремленого від цитоплазми оболонкою. У рослинній клітці ядро є. Для рослинної клітини характерні пластиди, бактеріальної вони відсутні, хоча деякі мають пігменти.