Протони входять до складу атомних ядер; порядковий номер хімічного елемента в таблиці Менделєєва дорівнює кількості протонів у його ядрі. 1,007 276 466 621(53) а. е. м.
Встановлено, що число протонів в ядрі дорівнює порядковому номеру елемента Періодичної таблиці. Заряд ядра визначається числом протонів в ньому. Отже, заряд ядра теж дорівнює порядковий номер елемента. Атом – електронейтральна частка, тому число електронів у ньому дорівнює числу протонів.
Електричний заряд протону позитивний, за абсолютною величиною він дорівнює заряду електрона 1,6021892 (46) · 10-19Кл (або 4,803242 (14) · 10-10 СДСЕ од. заряду); питомий заряд протону дуже високий – 9,578756 (27) · 107 Кл / кг.
Число протонів визначаємо за порядковим номером елемента. Значить, число нейтронів у ядрі можна знайти, якщо від відносної атомної маси відібрати порядковий номер.