Винищення дрібних гризунів призвело до різкого зменшення великої популяції. Другою причиною зменшення популяції стало використання хутра тварини. У сучасних умовах ховрах віднесено до зникаючих видів, його хутро заборонено використовувати. У Червоній книзі вид зарахований до зникаючих.
В Україні у зв'язку з різким скороченням чисельності та загрозою повного зникнення у 2009 році крапчастий ховрах був включений у Червону книгу. Занесений до Червоної книги РФ (2020 рік), як «що скорочується в чисельності», а також у Червону книгу МСОП, як «близький до вразливого стану».
Від бабаків ховрахи відрізняються тим, що живуть завжди в степах, як у південних, так і північних трав'янистих, тим часом як бабаки мешкають у місцях гористих, кам'янистих, порослих травою і мають, по крайнього заходу у глибині, грунт кам'янистий. Також ховрахи ніколи не збираються, подібно до бабаків, товариствами поблизу своїх нір.
Тривалість життя – більше 3 років, причому статевої зрілості жовті ховрахи досягають лише на 2-3 році життя.