Природні екосистеми формуються під впливом природних факторів та самостійно, без участі людини. Вони можуть довго існувати. Штучні системи виявляються залежними від діяльності і не здатні самостійно підтримувати природне рівновагу.
Природних (біогеоценози) У природних довкіллях живі організми тісно взаємодіють з неживими. Такі екологічні спільноти повністю залежать від природних умов та підлаштовуються під них. Біогеоценози саморегулюються, тому стійкі до зовнішніх змін.
У природних спільнотах все органічне речовина, вироблене організмами, проходить через харчові ланцюга, бере участь у кругообігу речовин і перетворюється на вихідні речовини. У штучних екосистемах кругообіг не замкнутий, оскільки людина забирає більшу частину вироблених живими організмами речовин.