Вигравши срібло на чемпіонаті світу після Олімпійських ігор, Юлія зіткнулася з різким спадом через пубертата, що наздогнав її. Низка невдач на стартах і непорозуміння з Тутберідзе призвели до зміни декорацій: фігуристка залишила «Кришталевий» і перебралася до Сочі нового тренера Олексія Урманова.
У результаті фігуристка кваліфікувалася до Фіналу Гран-прі, проте 30 листопада президент ФФККР Олександр Горшков заявив, що Липницька не виступить у Фіналі Гран-прі, через травму — розтин підборіддя та легкий струс. Через травму не брала участь у чемпіонаті Росії 2013 року в Сочі.
Остання на Олімпіада у Сочі виграла обидві програми у «команднику», після чого зайняла лише 5-е місце у індивідуальному турнірі.