Епідемія завезеної європейцями чорної віспи, до якої у аборигенів Нового Світу не було імунітету, дійшла від Карибського басейну та до інків. Від хвороби, як і багато його підданих, ймовірно, помер і верховний правитель інків Уайна Капак.
В 1533 іспанські конкістадори встановили контроль над більшою частиною імперії, а в 1572 держава інків припинило своє існування.
Пісарро (Pizarro) Франсіско (між 1470 та 1475-1541), іспанський конкістадор. У 1513-1535 роки брав участь у завоюванні Панами та Перу, відкрив частину Тихоокеанського узбережжя Південної Америки із зал. Гуаякіль та Західну Кордильєру Анд, пограбував і знищив держава інків Тауантінсуйу, заснував міста Ліма та Трухільо.
Інка Манко Інка Юпанки з невеликою кількістю прихильників ховається у гірський регіон Вількабамба, де панування інків продовжується ще близько 30 років. У 1572 році останній правитель інків – Тупак Амару був обезголовлений. Це означило кінець імперії Тауантінсуйу. Держава була розграбована, культура інків зруйновано.