У медицині ЕДТА використовують для виведення з організму радіоактивних та токсичних металів, для консервації крові та ін. У токсикології кобальтові солі ЕДТА використовуються як антидот при отруєнні синильною кислотою або хлорціаном. У стоматології використовується при ендодонтичній обробці каналів зуба.
Потрапляючи у кров, розчин ЕДТА обволікає іони важких металів (навіть таких, як ртуть і свинець), перешкоджаючи їх взаємодії з клітинами, сприяючи їхній природній «втечі» з організму. Речовина використовується для нормалізації рівня кальцію та магнію.
Етилендіамінтетраоцтова кислота (ЕДТА кислота) широко застосовується в косметичних засобах як консервант.