Розмножується звіробій продірявлений насінням і кореневими пагонами. Зростає на супіщаних та суглинистих ґрунтах на відкритих сухих місцях, у соснових та змішаних лісах, на вирубках, прогалинах, при дорогах. Поширений звіробій майже на всій території СНД.
Зустрічається як бур'ян уздовж лісових доріг та околицями полів. У природних угрупованнях врожайність надземної маси – 0,1-15 ц/га, у досвідчених посівах на другий рік – 15-25, на третій – 30-40 ц/га. Широко поширений Євразії — від Атлантичного узбережжя до Сибіру, Монголії та Китаю.
зростає у березових та сосново-березових лісах, у чагарниках, по берегах річок та озер у Західному та Східному Сибіру, на Далекому Сході (у південних районах). Звіробій плямистий (Hypericum maculatum Crantz) поширений у межах лісової зони європейської частини Росії, у південних районах Західного та Східного Сибіру.
Його можна впізнати по гладкому стеблі, на якому є дві досить гострі грані. А ще – по листю: якщо подивитися лист звіробою продірявленого на світ, то можна легко помітити дірочки – вмістилища ефірних олій. Другий вигляд – це звіробій чотиригранне, його стебло теж гладке і має чотиригранну форму.