Працює в шлунку пепсин разом із працюючими в дванадцятипалій кишці трипсином та іншими ферментами розщеплюють більшість харчових білків до амінокислот.
У шлунку починають перетравлюватися білки та деякі жири (наприклад, жир молока). У грудці їжі якийсь час під дією ферментів слини триває розщеплення вуглеводів, але невдовзі їжа насичується шлунковим соком, та її ферменти починають розщеплювати білки.
на білки, пептиди та амінокислоти діють спеціальні ферменти, що включають трипсин, хімотрипсин та ферменти стінок кишечника. Ці речовини руйнують білки до дрібних пептидів. Процес перетравлення білків починається в шлунку і закінчується у тонкому кишечнику.
Перетравлення жирів відбувається у тонкому кишечнику, проте вже у шлунку невелика частина жирів гідролізується під дією "ліпази мови" (лінгвальна (лат. lingua – мова) ліпаза). Цей фермент синтезується залозами на дорсальній поверхні язика та відносно стійкий при кислих значеннях рН шлункового соку.