Процес травлення продовжується в тонкому кишечнику під впливом різноманітних харчових ферментів. Там відбувається перетворення вуглеводів у глюкозу, розщеплення ліпідів на жирні кислоти та моногліцериди, а білків – на амінокислоти.
З підшлункової залози у верхній відділ тонкої кишки, дванадцятипалу кишку, викидається панкреатична амілаза. Це найважливіший фермент для травлення вуглеводів, Котрий розщеплює основну частину крохмалю.
Вуглеводи починають розщеплюватися ще в ротовій порожнині, в білки – у шлунку, тоді як закінчує все розщеплюватися у тонкому кишечнику.
Загальним місцем перетравлення всіх харчових макроелементів (білки, жири, вуглеводи) є верхній відділ тонкої кишки (у т. ч. дванадцятипала кишка). Це означає, що в ньому вони перетворюються на більш дрібні та прості сполуки (цукри, амінокислоти, жирні кислоти).