«Магніт» був заснований у 1994 році на півдні Росії у Краснодарі як невелика регіональна компанія. За цей час "Магніт" виріс в одну з найбільших російських компаній. Штаб-квартира роздрібної мережі, як і раніше, знаходиться в Краснодарі. 2006 року компанія провела IPO на Лондонській фондовій біржі.
Найпопулярніша легенда про відкриття магнітів сходить до легенди про критського пастуха на ім'я Магнес. Легенда свідчить, що близько 4000 років тому Магнес пас своїх овець на півночі Греції під назвою Магнезія.
Заснував «Магніт» та довгий час був його основним власником є бізнесмен Сергій Галицький. Саме він створив великий проект, футбольний клуб «Краснодар» і збудував стадіон. У лютому 2018 року Галицький продав 29,1% акцій банку ВТБ. Сума угоди тоді оцінювалася у 138 мільярдів рублів.
Перше наукове вивчення властивостей магніту було здійснено в 13 столітті вченим Петром Перегріном. У 1269 році вийшов його твір «Книга про магніт», де він писав про багато фактів магнетизму: у магніту є два полюси, які вчений назвав північним та південним; неможливо відокремити полюси один від одного розламуванням.