Шишкіна є структурним підрозділом Єлабузького державного музею-заповідника. Єлабузький музей художника має світове значення, він є єдиним у світі будинком-музеєм І.І. Шишкіна та експонує лише справжні предмети декоративно-ужиткового мистецтва, графіки та живопису XIX століття.
Державному Російському музеї Малюнок І. Є. Рєпіна «Шишкін на засіданні «Академії мистецтв» знаходиться в Державному Російському музеї.
Він помер за мольбертом під час роботи над новою картиною. Художника поховали на Смоленському православному цвинтарі в Санкт-Петербурзі, але в 1950 році його порох перенесли разом з пам'ятником на Тихвінський цвинтар Олександро-Невської лаври.