На пінгвінів полюють різні тварини, в тому числі тюлені, морські леви, безліч птахів, серед яких – чайки, поморники та білі жителі, восьминоги, акули і навіть такі домашні тварини, як собаки, кішки та тхори. Вилучення пінгвінів як ланки з харчових ланцюгів зруйнувало б харчові ланцюги для багатьох інших особин.
Пінгвіни не боялися "червоних хлопців" навколо своєї колонії, оскільки вони не мають ворогів, які пересуваються по землі на ногах або лапах. Головні вороги імператорських пінгвінів мешкають або у воді, як морські леопарди і косатки, або в небі, як поморники та гігантські буревісники.
Найголовнішими ворогами пінгвінів на суші є хижі птахи, що отримали назву поморників, які знищують яйця та пташенят. Здебільшого, неподалік пінгвінів завжди розташовані гнізда поморників, які є великими хижими птахів.
Для самооборони пінгвіни використовують дзьоб і плавці, що є ефективною зброєю. Але пташенята, що залишилися без нагляду батьків, стають легкою здобиччю для бурого поморника (Catharacta antarctica). Деякі види чайок використовують будь-яку можливість для того, щоб вкрасти яйця пінгвінів.