Сучасні киргизи склалися з трьох великих компонентів: «киргизького», який складається з нащадків єнісейських киргизів, що переселилися на Алтай та Іртиш, «могульського» (кочове населення Могулістана) та «кипчацького».
Південносибірська раса була виділена радянським антропологом А. І. Ярхо. Поширена головним чином заході Південного Сибіру й у Середню Азію, особливо у казахів і киргизів.
Більшість киргизів належать до східно-євразійських мітохондріальних гаплогруп з переважаючою D гаплогрупою. Залежно від географічного розташування зразків лінії західно-євразійських мітохондріальних гаплогруп становлять від 27% до 42,6% у киргизів. З них переважає гаплогрупа Н (21,3%).