Під веденням Сенату стояла низка центральних установ, відомих під назвою колегій; вони були засновані у 1718 р. та остаточно сформовані у 1720 р. Колегії замінили собою старі накази.
8 (20) вересня 1802 р. на підставі Маніфесту Олександра I «Про заснування міністерств» замість існуючих раніше колегій в Росії було створено 8 міністерств: військово-сухопутних сил, військово-морських сил, закордонних справ, юстиції, комерції, народної освіти, фінансів та внутрішніх справ.
Колегії замінили собою старі накази. Із заснуванням Сенату, що помалу засвоював собі функції найголовніших наказів, ці останні (напр., розряд) замінювалися "столами" Сенату; дрібні накази перетворювалися на канцелярію і контори різних найменувань і зберігали колишню організацію.