Основні повноваження боротьби з тероризмом покладаються на ФСБ, директор якої очолює оперативний штаб та координує дії збройних сил, органів внутрішніх справ, юстиції та цивільної оборони.
Міністерство внутрішніх справ Російської Федерації; Служба зовнішньої розвідки Російської Федерації; Федеральна служба охорони Російської Федерації; Міністерство оборони Російської Федерації.
Основну роботу щодо протидії тероризму веде Федеральна служба безпеки РФ у взаємодії з МВС, Росгвардією, СКР та іншими правоохоронними органами. Координуючу роль протидії злочинності здійснює Генеральна прокуратура РФ.