Після смерті Тойотомі в 1598 році, його місце зайняв Токугава Іеясу, саме він об'єднав Японію і при ньому ж ніндзя практично зникли.
Перші ніндзя з'явилися в Японії понад десять століть тому, але розквіт ниндзюцу припав на період Сенгоку (період воюючих провінцій, XV і XVI століття).
Однак «демони ночі», як їх називали, наводили жах на самураїв та князів. В той же час ніндзя майже ніколи не вбивали селян, оскільки ті становили їм небезпеки і часто могли їм допомогти. Основною діяльністю ніндзя були замовні вбивства та диверсії.
Слово «ніндзя» можна отримати, якщо по-китайськи прочитати «синобі» – Таке читання називається он'єм. У результаті ця вимова прижилася на Заході, тому що європейцям та американцям легше сказатиніндзя», ніж «синобі». Але останній варіант правильніший.