Бах умів грати на органі та клавесині (ймовірно, і на всіх клавішних інструментах того часу), більшість його творів написані для виконання на цих інструментаххоча багато і творів для оркестру та солюючих інструментів (флейти, скрипки, віолончелі).
Улюбленим інструментом Баха вважається орган. У його житті був цілий органний період, коли Бах служив на посаді органіста у Веймарі.
клавіра Виконавець-віртуоз, один із найбільших знавців клавішних інструментів, Бах створив велику літературу для клавіра. Центральне місце в ній займає двотомний «Добре темперований клавір» — цикл із 48 прелюдій та фуг, об'єднаних у 2 томи по 24 прелюдії та фуги у кожному.