Хлор відіграє у підтримці КОР, осмотичного рівноваги плазми крові, лімфи, СМР та деяких тканин, балансу води в організміє компонентом шлункового соку. Іони хлору, поряд з натрієм та калієм, формують мембранний потенціал клітин, активують ряд ферментів.
Втрата хлору означає недолік та інших електролітів – натрію та калію. Симптоми нестачі цих речовин: поверхневе дихання, млявість, втрата апетиту, судоми, сухість у роті. Гострий дефіцит електролітів призводить до загибелі людини.
надлишкове надходження до організм хлористого натрію збільшує частоту серцево-судинних захворювань; з'являється схильність до гіпертензивних станів, підвищеної реактивності судин; виникає ймовірність жовчо- та сечокам'яних захворювань.
Зниження концентрації хлоридів у сироватці крові виникає при метаболічному ацидозі, який може розвинутись у результаті цукрового діабету (особливо за відсутності лікування), при нирковій недостатності.