За словами Вачовські, ідея воскресити їх прийшла їй у найважчий період життя через переживання через втрату майже всіх близьких людей — батьків і найкращого друга. Режисер поділилася, що постійно плакала ночами і не могла впоратися із стражданнями. При цьому вона придумала нову історію про Нео та Трініті.
Нео і Трініті повернулися до «Революції», поки останньої частини серії, Трініті (Керрі-Енн Мосс) гине під час аварії корабля в Місті машин, а Нео (Кіану Рівз) сліпне і вмирає після битви з агентом Смітом. Виявляється, головні герої якось знову підключилися до Матриці, але нічого не пам'ятають про свої колишні життя.
Сенс фіналу трилогії «МатрицяБитва Нео з агентом Смітом приводить його до розуміння, що він не зможе перемогти без допомоги Головного Комп'ютера, який виявився безсилим перед своїм породженням так само, як людство виявилося безсилим перед породженим ним штучним інтелектом.