Летальність після первинного діагностування хронічного панкреатиту становить до 20% протягом 10 років. Через 20 років помирає понад 50% хворих. Причинами смерті стають ускладнення, пов'язані із загостреннями панкреатиту, супутніми порушеннями травлення та інфекціями.
Одним із найбільш небезпечних ускладнень є гнійний панкреонекроз, який спричиняє незворотні пошкодження у структурі панкреатичної залози та може призвести до смерті. За відсутності адекватного лікування хронічного панкреатиту значно збільшується ймовірність розвитку раку підшлункової залози.
У пацієнтів із хронічним панкреатитом очікувана тривалість життя приблизно на 8 років коротше, ніж у населення загалом. Проте прогноз можна, можливо значно покращити, якщо правильно здійснювати лікування цієї хвороби, запобігти ускладненням, а також усунути провокуючі фактори (особливо вживання алкоголю).