На МРТ краще видно м'які тканини, тому метод використовується виявлення пухлин, дослідження мозку, хребта, суглобів, малого таза. КТ добре показує травми, переломи, свіжі крововиливи, патології черевної порожнини та грудної клітки..
КТ кишківника, на відміну від магнітно-резонансної томографії, використовує рентгенівські промені для візуалізації стану ШКТ Інформативність КТ-віртуальної колоноскопії в галузі обстеження товстого кишечника кращечим МРТ ШКТ, проте це сканування пов'язане з дозою опромінення до 10 мЗв.
Для діагностики панкреатиту, пухлин і рак підшлункової залози переважним методом у медичних клініках все ж таки є МРТ. КТ використовується у діагностиці захворювань цього органу, коли потрібно дуже швидко зробити дослідження в екстрених випадках, або коли через метал у тілі МР-томографія неможлива.
Можна констатувати, що на сьогодні МРТ більш інформативна при дифузному та осередковому ураженні структур головного мозку, патології спинного мозку та краніоспінального стику (тут КТ зовсім неінформативна), ураження хрящової тканини. КТ переважна при захворюваннях грудної клітки, живота, тазу.