Частота ушкоджень ДНК, Викликаних впливом природних клітинних метаболітів, досягає за деякими оцінками десятків тисяч подій на день на клітину. ДНК може бути пошкоджена також через вплив зовнішніх агентів, таких як іонізуюче випромінювання або хімічні мутагени.
Структура самого геному, що передається нащадку, може бути змінена тільки під час вагітності: погане харчування, стреси або захворювання, перенесені матір'ю в цей період, можуть стати причиною мутацій генетично і порушення структури ДНК — наприклад, через такі мутації можуть народитися діти із зайвою хромосомою.
Зламати ДНК може радіація, наприклад, рентгенівське випромінювання. У нього дуже високий рівень енергії, через що можуть утворюватися вільні радикали, які крадуть електрони у ДНК і руйнують його.