Перевірити шлунок без ковтання зонда можна за допомогою ультразвукової діагностики. Метод дозволяє досліджувати стан стінок органу, діагностувати великі новоутворення, проте не надає відомостей про стан слизових.
МРТ використовують як альтернативний спосіб за наявності протипоказань до КТ (вагітність, алергія на контраст тощо). Магнітно-резонансна томографія здатна доповнити результати ФГДС.
УЗД шлунка може призначатися за невизначеної симптоматики органів черевної порожнини. Замінити ним рентгеноскопію чи гастроскопію не вдасться.