Деформація настає внаслідок неправильної перев'язки пуповини, після чого пупок стає схожим на кульку. Глибокий пупок служить місцем скупчення шкірного секрету, і, звичайно, естетики не додає, як і широкий пупок, який найчастіше зустрічається у опасистих людей.
Змінити форму та зовнішній пупка можуть різні захворювання – наприклад, омфаліт або пупкова грижа. У дорослому віці пупок також може змінитися через ожиріння, підвищений тиск усередині черевної порожнини, вагітності, вікових змін, і навіть пірсингу.
Виявилося, що форма пупків залежить від багатьох різних чинників. Головний із них — індивідуальна особливість сполучних тканин організму. Це закладається ще на стадії внутрішньоутробної розвитку організму. Найчастіше опуклий пупок розвивається саме на цьому етапі, і дитина народжується із цим.