Ортофосфорна кислота застосовується для протруювання (зняття змазаного шару) емалі та дентину перед пломбуванням зубів. При застосуванні адгезивних матеріалів 2-го та 3-го поколінь потрібне протруювання емалі зуба кислотою з подальшим промиванням та просушуванням.
Ортофосфорна кислота використовується при пайці як флюс (по окисленій міді, по чорному металу, по нержавіючій сталі), для досліджень в галузі молекулярної біології. Застосовується також для очищення від іржі металевих поверхонь.
Найчастіше здійснюється обробка металу ортофосфорною кислотою. Хімічний спосіб очищення ґрунтується на видаленні іржі під дією хімічних речовин. Кислоти наносять на поверхню, покриту іржею, за допомогою пензлика або розпилювача, залежно від розміру ураженої площі.
На думку медиків, Ортофосфорна кислота має властивість вимивати з організму кальцій, що вкрай несприятливим чином відбивається на стані зубної емалі та кісткової тканини, викликаючи виникнення карієсу та остеопорозу. Надмірне вживання Е338 викликає розлади шлунково-кишкового тракту, нудоту та блювання.