Гіпократ також відомий як видатний хірург давнини. У його творах описуються такі способи застосування пов'язок як прості, спіральні, ромбоподібні, «шапочка Гіппократа» та ін., лікування переломів та вивихів за допомогою витягування та спеціальних апаратів (лава Гіппократа), лікування ран, фістул, геморою, емпієм.
Вперше Гіпократ визначив залежність захворювань, як від зовнішніх факторів, так і від внутрішнього стану організму та балансу між різними процесами. Філософ ввів поняття про темпераменти та їх вплив на людину. Хірургія при Гіппократі поповнилася новими знаннями та методами лікування переломів.
Медична наука зобов'язана Гіпократу за вчення про темперамент людини, визначення стадійності перебігу різних захворювань. Він запровадив таке поняття як стадія хвороби. Також величезним внеском є методи обстеження хворих – аускультація, пальпація, перкусія.
Лікував Гіппократ пацієнтів цілющими травами, яких знав понад двісті; заперечував проти застосування відразу багатьох ліків і проголошував повсюдно принцип – nоli nосеrе (не нашкодь). «Батько медицини» рекомендував чемерицю як блювотний засіб, він же описав конвульсії, що настають у разі її передозування.