Війна закінчилася підписанням Ям-Запольського (1582) і Плюсського (1583) перемирій. Російське царство позбавлялося всіх завоювань, зроблених у результаті війни, а також земель на кордоні з Річчю Посполитою та приморських балтійських міст (Копор'я, Яма, Івангорода).
Основний метою для Івана IV було захоплення Лівонії та вихід до моря, захоплення портів для розширення торгівлі (Нарва, Ревель, Рига). У військовому сенсі цей період був успішним для армії Івана IV, хоча було програно пару битв. Підсумок – орден уклав унію з Великим князівством Литовським і розпочався другий період війни.
В підсумку війна закінчилася перемогою Швеції та Речі Посполитої у 1583 році, які розділили між собою території Лівонського держави.