Розуміючи, що Євангеліон: Модуль-01 вирвався з ГеоФронту, Гендо каже Рей, що єдиний спосіб знову побачити Юї – це заборонений союз Адама та Ліліт. Він вставляє свою праву руку (у якій був Адам) у тіло Рей, щоб ініціювати вдосконалення. Тим часом, Сіндзі продовжує кричати після смерті Аскі.
Серійні Євангеліони розпинають Єву-01, керовану Сіндзі, за допомогою своїх копій Спис Лонгінія; потім вони збираються навколо Єви-01 і істоти, породженої Рей та Ліліт. Рей-Ліліт ставить Сіндзі перед вибором, і Сіндзі, втративши все, що йому було дорого, вирішує вбити життя на Землі.
Сіндзіможливо, якийсь час вірив, що ніхто не повернеться, і він був приречений на самотність, тому знайти Аску на пляжі було несподіванкою, бо це довело його неправоту. Це також могло пояснити, чому він вирішив задушити її, щоб дізнатися, чи справжня вона.
Місато перевертає свою машину і вирушає до ангару, розповідаючи про свої висновки Сіндзі та пояснюючи йому правду про Другий удар. Саме Seele стояли за Другим ударом і тепер вони хочуть розпочати Третій, використовуючи для цього Євангеліонів. Причиною цього є конфлікт між Ангелами і людством.