Геномний маркер (або генетичний маркер) – це конкретний ген чи послідовність ДНК, пов'язані з певною особливістю. Вони використовуються для вивчення взаємозв'язку генетики та захворювань. Генетичний маркер може бути сигналом наявності іншого гена.
Основними інструментами виявлення ДНК-поліморфізму на рівні нуклеотидних послідовностей можна вважати три базових методу: рестрикційний аналіз (з 1974 р.), полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) (з 1988 р.) та секвенування (з 1977 р.)
SNP–маркери являють собою нове покоління молекулярних маркерівзустрічаються з високою частотою в геномі як тварин, так і рослин. З розробкою SNP–маркерів з'явилася можливість автоматизувати та в десятки разів підвищити продуктивність аналізу генотипів.
Для визначення довжини отриманих ДНК фрагментів використовуються комерційні розчини ДНК, які містять фрагменти ДНК молекул строго певних довжин. Такі розчини називають маркерами довжин. ДНК–фрагментів ( DNA ladder , лінійка , маркери ДНК ) [2].