Фамотидин застосовують незалежно від їди. Виразкова хвороба дванадцятипалої кишки та шлунка (доброякісна). 2 таблетки по 20 мг увечері перед сном протягом 4-8 тижнів.
Курс лікування – 4-8 тижнів. При диспепсії, пов'язаної з підвищеною функцією секреторної шлунка, призначають по 20 мг 1 -2 рази на добу. Для профілактики рецидиву виразки шлунка і дванадцятипалої кишки: 20 мг одноразово перед сном. При рефлюкс-езофагіті – 20-40 мг 2 рази на добу протягом 6-12 тижнів.
Фамотідін пригнічує як концентрацію кислоти, і обсяг шлункової секреції, тоді як зміни у секреції пепсину пропорційні її обсягу. Фамотідін пригнічує як базальну, і нічну шлункову секрецію, і навіть секрецію, стимульовану їжею і пентагастрином.
Омепразол ефективніше фамотидин у профілактиці ушкоджень слизової оболонки шлунка та дванадцятипалої кишки у пацієнтів групи ризику, які приймають аспірин.