У травні 2005 року Міщанський районний суд Москви визнав Ходорковського винним у шахрайстві, присвоєнні чужого майна, несплаті податків та інших злочинах та засудив його на 9 років позбавлення волі за низкою статей КК РФ.
19 лютого 2003 року на зустрічі представників великого бізнесу з президентом Росії В. Путіним М. Ходорковський звинуватив у корупції державну компанію «Роснефть», привівши як приклад покупку невеликої нафтової компанії «Північна нафта» за нечувану на той час суму 600 млн дол.
Згідно з вироком Міщанського районного суду, Ходорковський і Лебедєв організували вчинення злісного невиконання службовцем комерційної організації рішення суду, що набрало законної сили, а Крайнов здійснив злісне невиконання службовцем комерційної організації рішення суду, що набрало законної сили.
У Женеві на ім'я Ходорковського зареєстровано кілька компаній. Forbes оцінює його статки в 600 млн доларів.