Добова доза становить 20-40 мг цефтріаксону на 1 кг маси тіла тварини на добу. За потреби кратність застосування можна збільшити до 2 разів на добу з дозуванням 10-20 мг цефтріаксону на 1 кг маси тіла. Препарат застосовується від 5 до 10 діб залежно від форми та тяжкості захворювання.
Зазвичай це йде 10-14 днів; важкі та занедбані інфекції доводиться лікувати довше. Не можна припиняти давати тварині антибіотики остаточно призначеного ветеринаром курсу. Інакше бактерії, які не будуть знищені, стануть резистентними до препарату (тобто він перестане на них діяти).
В інструкціях до більшості ветеринарних ліків рекомендується розраховувати дозування виходячи із ваги тварини. Наприклад, 1 мг активної речовини на 1 кг ваги тварини, але не більше певного значення. Наприклад, 0,01 мг/1 кг ваги, але не більше ніж 0,2 мг за один прийом.
Як правило, терапію цефтріаксоном слід продовжувати не менше 2 днів після зникнення ознак та симптомів інфекції. Звичайна тривалість терапії становить від 4 до 14 днів; при ускладнених інфекціях може знадобитися триваліша терапія.