Рекомендована початкова доза 7,5 мг метотрексату 1 раз на тиждень внутрішньом'язово, внутрішньовенно чи підшкірно. Дозу слід поступово збільшувати, при цьому максимальна доза не повинна перевищувати 30 мг метотрексату на тиждень. Відповідь на лікування зазвичай настає через 2-6 тижнів після початку застосування препарату.
Метотрексат у таблетках застосовують внутрішньо. Дози та термін лікування встановлюють індивідуально залежно від схеми хіміотерапії. Трофобластичні пухлини: 15-30 мг внутрішньо щодня протягом 5 днів з інтервалом в один або більше тижнів (залежно від ознак токсичності).
При Ревматичні захворювання МТ призначають 1 раз на тиждень (перорально або парентерально), оскільки більш частий прийом препарату, що асоціюється з розвитком гострих та хронічних токсичних реакцій.
Рекомендується перервати лікування метотрексатом за 1 тиждень до хірургічного втручання та відновити через 1 або 2 тижні після операції. Слід дотримуватись особливої обережності при застосуванні метотрексату у пацієнтів із активними інфекціями.