Стівен був два рази одружений, після себе він залишив трьох дітей. Першою дружиною Хокінга стала філолог Джейн Уайльд, з якою він познайомився ще під час навчання в Оксфорді на одній із студентських вечірок.
Чому розпався шлюб Стівена і Джейн Хокінг? Після народження третьої дитини у Джейн розпочалася депресія. Стівен Хокінг пише у своїй книзі, що причиною її розладу був страх, що він невдовзі помре. Вона хотіла знайти людину, яка б допомагала їй з дітьми, можливо, одружилася б з нею після смерті чоловіка.
У Хокінга була рідкісна повільно розвивається форма хвороби моторних нейронів (також відома як бічний аміотрофічний склероз або хвороба Лу Геріга), яка поступово протягом десятиліть паралізувала його.
Після кількох років роботи над докторською дисертацією у коледжі Вестфілд, у квітні 1981 року Хокінг здобула докторський ступінь за середньовічною іспанською поезією. Вона вирішила здобути докторський ступінь, щоб займатися викладанням у Кембриджі. Джейн та її чоловік розійшлися у 1990 році та розлучились через п'ять років.