Активна фаза бойових дій тривала з 1999 по 2009 рік, потім, у міру встановлення контролю Збройними силами Росії над територією Чечні, перейшла у відання місцевих чеченських сил самоврядування та самооборони. З 0 години 16 квітня 2009 року режим КТО скасовано.
десять років Друга чеченська війна або – офіційно – контртерористична операція – тривала майже десять років, з 1999 до 2009 року. Її початку передували напад бойовиків Шаміля Басаєва та Хаттаба на Дагестан та серія терактів у Буйнакську, Волгодонську та Москві, що відбулися з 4 по 16 вересня 1999 року.
Контртерористична операція (КТО) на території Чечні була оголошена невдовзі після цього у вересні 1999 року. Активна фаза бойових дій тривала до кінця лютого 2000 року і завершилася зі взяттям федеральними силами під контроль Шатойського району Чечні.
За оцінкою міжнародної неурядової організації «Міжнародна амністія» (2007), війні загинуло до 25 тисяч мирних жителів.