На території Росії гніздиться 2300-2500 пар чорного лелеки.
Усього біля Росії гніздиться від 2300 до 2500 пар. Ареал проживання: Мешкає в лісовій зоні Євразії, намагаючись уникати людей. В Росії чорний лелека населяє територію від Балтійського моря, Урал, Південний Сибір до Далекого Сходу. На Курилах, острові Сахалін та півострові Камчатка не зустрічається.
Основні причини рідкості – вирубування високостовбурних лісів, осушення заболочених площ, фактор занепокоєння. Необхідні для гніздування умови – поєднання високоствольних лісів з широкими відкритими річковими долинами, що включають луки, заболочені ділянки, мілководдя.
Окрема населення мешкає Півдні Росії, у лісах Чечні, Дагестану, Ставропольського краю. Найбільше птахів у Росії гніздиться біля Примор'я. Найбільша у світі популяція чорного лелеки мешкає біля заказника Середня Прип'ять, що у Білорусії.