Основне відмінність прокаріотів та еукаріотів полягає в тому, що в клітинах прокаріотів генетичний матеріал розташовується безпосередньо в цитоплазмі і представлений нуклеоїдом, що містить найчастіше замкнуту в кільце молекулу ДНК. У еукаріот генетичний матеріал відокремлений ядерною оболонкою і, відповідно, укладено у ядрі.
Прокаріоти, на відміну від еукаріотівне мають ніяких мембранних органел у структурі своїх клітин. Різноманітність цих структур досить невелика порівняно з органелами еукаріот. До того ж, багато немембранних органел зустрічаються в еукаріот, такі як рибосоми. Крім рибосом, еукаріот є пластиди та лізосоми.
Клітини еукаріотів більший і складніший за будовою, ніж клітини прокаріотів. У ядрі, оточеному мембраною, міститься більша частина ДНК, яка таким чином відокремлена від цитоплазми. У цитоплазмі містяться різні органели, кожна з яких має характерну структуру, – мітохондрії, лізосоми, центріолі.
Як вам відомо, ключовими подіями клітинного циклу як прокаріот, так і еукаріот є реплікація ДНК та поділ клітини. Але відмінною рисою поділу прокаріотичних клітин є безпосередня участь реплікованої ДНК у процесі поділу, чого в еукаріот не спостерігається.