Бюджетна установа відповідає за своїми зобов'язаннями лише обсягом коштів, що у його розпорядженні, а автономне -всім своїм майном, крім нерухомого, особливо цінного рухомого майна, закріпленого його чи придбаного рахунок коштів собственника.
Автономна установа – Це некомерційна організація, створена Російською Федерацією, суб'єктом Російської Федерації або муніципальним утворенням для виконання робіт, надання послуг з метою здійснення передбачених законодавством Російської Федерації повноважень органів державної влади, повноважень.
Бюджетні і автономні організації сплачують податок на прибуток від діяльності, що приносить дохід. Казенні можуть заплатити лише у разі отримання позареалізаційних доходів, наприклад, під час продажу основного кошти. Казенні установи на відміну від бюджетних і автономних не сплачують держмито на підставі ст. 333.35 НК РФ.
Але головне відмінність полягає в тому що автономна установа – некомерційна організація, а унітарне підприємство – комерційна організація. Закон про автономних установах допускає створювати автономні установи не з нуля, а шляхом зміни типу існуючого державного чи муніципального установи.