У природному середовищі джунгарські хом'яки розмножуються з березня по вересень, у неволі вони розмножуються цілий рік. У посліді може бути від 1 до 11 дитинчат. Статева зрілість настає з 4-6 тижнівОднак надто рання вагітність може бути дуже небезпечна для самки.
В утробі малюки ростуть швидко, забираючи у матері всі сили. Якщо після пологів не підтримувати режим харчування породіллі, то організм зовсім виснажиться, і вона не може вигодувати дітей. У цьому випадку, інстинкт самозбереження візьме гору і хом'ячиха просто з'їсть весь послід.
Очі у дитинчат відкриваються трохи раніше, ніж у сирійських хом'ячків, – На 10-й день. У віці 20 днів молодих джунгариків можна, можливо відокремлювати від матері.
Уникайте галасливих та прохідних місць при розташуванні клітини. Хом'ячки люблять тихі місця, далеко від протягів та прямих сонячних променів, телевізора та кухні, де сильний запах їжі постійно турбує їхній дуже гострий нюх.