Вірус вражає оболонки головного та спинного мозку. Захворювання триває близько 14 днів, а реабілітація займає щонайменше два місяці..
Наростання симптомів відбувається протягом 3-5 діб. Температура тримається від 3 до 14 днів і падає літично. Летальний результат відзначається в 40-70% випадків, зазвичай, в 1-й тиждень хвороби. Однак смерть може наступити і в пізніші терміни внаслідок ускладнень, що приєдналися.
Специфічного лікування кліщового енцефаліту — тобто такого, яке могло б усунути причину захворювання, — не існує.
У 80% випадків захворювання триває 1-3 роки, 10% хворих живуть довше (до 10 років), у 10% описано блискавичну течію, коли смерть настає менш ніж через 3 місяці. Специфічного лікування немає. Мета діагностики первинних полісезонних енцефалітів – встановлення виду збудника.