Медикаментозне лікування ГЕРХ триває від 4 до 8 тижнів. Після основного курсу слід пройти підтримуючу терапію тривалістю 6-12 місяців. Ускладнені та занедбані форми ГЕРХ лікують хірургічним шляхом. Для виправлення дефекту стравоході проводяться антирефлюксные операції.
Гастроезофагеальний рефлюкс проходить приблизно у 85% немовлят до 12 місяців та у 95% – до 18 місяців.
При комплексній медикаментозній терапії рефлюкс–езофагіту середньої тяжкості у більшості пацієнтів спостерігається значне зменшення симптомів та покращення якості життя. Базовий курс лікування повинен становити не менше одного місяця, а потім протягом 6-12 місяців хворий повинен отримувати лікування, що підтримує.