Зовнішньо, місцево. Дорослим та дітям з моменту народження розчин наносять за допомогою тампона чи скляної палички на уражені ділянки 2-3 рази на добу до зникнення ознак захворювання.
Зав'язати ½ чайної ложки (2,5 г) порошку синьки у клапоть чистої білої тканини, за допомогою вузлика, що вийшов, підсинити теплу воду до бажаного ступеня блакитного відтінку. Далі окремо кожну річ опускати розправленою у приготовлений теплий розчин та витримувати близько 10 хвилин.
МС – протизапальний засіб широкого спектра дії. МС має і яскравий противірусний ефект. У 2018 році було доведено, що метиленовий синій інактивує в плазмі крові вірус Ебола та коронавірус MERS-CoV, що викликає гострий близькосхідний респіраторний синдром.