Потім Медея власноруч убила своїх синів від Ясона (Мермера і Ферета) і зникла на посланій її дідом Геліосом (або Гекатою) крилатій колісниці, запряженій драконами.
Медея втекла з дому разом із Ясоном та аргонавтами, забравши з собою брата, Апсирта. Він став жертвою дівчини, коли корабель їхнього батька почав переслідування аргонавтів. Медея розчленувала брата, і цареві Колхіди довелося зупинити погоню, щоб підібрати його останки.
Від сторонніх людей Медея дізналася про зраду невдячного чоловіка, який був їй так багатьом зобов'язаний, для якого пожертвувала вона батьківщиною та сім'єю, вбила брата рідного. Гнів і скорбота опанували скривдженої, ганебно знедоленої Медеєю; гаряча любов її до Ясона перетворилася на спрагу кривавої помсти.